Da Eagle die libs nach Firmennamen ordnet, findest du die avr's unter Atmel Bei der AVR4 hat sich zwar jemand Mühe gegeben, aber leider die Fehler mit übernommen. Bei vielen avr's gibt es keinen analog gnd z.B. ATmega 644, 32, 16, 8 und noch andere. Es war seinerzeit teilweise sogar in den Datenblättern verkehrt und Atmel hatte das bestätigt. Die atmel.lbr in Eagle 5.x hat eine korrigierte Version. Besser ist es aber immer die neusten Datenblätter zu befragen, wenn du nicht auf die Schnauze fallen willst
Einträge in die eagle.scr wurden hier schon genannt. Einträge in den Design Rules DRC muss man mit neuem Namen abspeichern, am einfachsten mit dem Projektnamen. Der ganze Senf wird dann mit in der Projektdatei gespeichert.