Wenn die Platine sonst nicht gut ist oder die Versorgungsspannung von weit eg kommt, kann der Enkoppelkondensator auch schon mal den Unterschied machen zwischen geht und geht nicht.

Nach der Beschreibung sieht es aber danach aus, das der Programmer gar nicht vom AVR Studio erkannt wird. Dieser Teil sollte unabhängig davon sein, ob da überhaupt ein µC dran hängt. Das ist also eher ein Problem von USB Treibern oder ähnlichem.