Der 2560hat folgende Timer:

Timer0, Timer2: 8bit, mit je zwei PWM-Kanälen
Timer1,3,4,5:
16 bit, mit je 3 PWM-Kanälen (von 2 bis 16 bit einstellabr)

Somit kommt man auf 16 Kanäle.
Man muss allerdings beachten, dass zwei PWM-Kanäle (OC0A und OC1C) sich Pin26 teilen. Somit bleiben effektiv 15 gleichzeitig nutzbare Kanäle übrig.