Du könntest dein Programm z.B. so abändern:

Code:
$regfile = "m8def.dat"                                      'für Mega8
$crystal = 4000000

' /// UHR
Dim Sekunde As Word
Dim Minute As Word
Dim Stunde As Word
Dim H As String * 2
Dim H1 As String * 2
Dim M As String * 2
Dim M1 As String * 2
Dim S As String * 2
Dim S1 As String * 2

Ddrc.0 = 0                                                  'PortC.0-3 als Eingang
Ddrc.1 = 0
Ddrc.2 = 0
Ddrc.3 = 0
Portc.0 = 1                                                 'PullUps ein, Taster schaltet Pin nach GND
Portc.1 = 1
Portc.2 = 1
Portc.3 = 1


'// Zum setzten von Stunde Minute Sekunde setzen
Sekunde = 00
Minute = 00
Stunde = 00

'/// LCD ///
Config Lcdpin = Pin , Db4 = Portd.4 , Db5 = Portd.5 , Db6 = Portd.6 , _
   Db7 = Portd.7 , E = Portd.3 , Rs = Portd.2
Config Lcd = 16 * 2
Cls
cursor  off
'/// TIMER ////

Config Timer1 = Timer , Prescale = 64
Const Startwert = 7936

On Timer1 Ontimer1                                          'Interrupt-Routine für Timer1-Overflow
Enable Timer1                                               'Timer1-Overflow-Interrupt einschalten
Enable Interrupts                                           'Interrupts global zulassen
'-------------------------------------------------------------------------------
Main:
Do
    'Uhrzeit in Sekunde Minute Stunde
   If Sekunde > 59 Then
      Sekunde = 0
      Incr Minute
   End If

   If Minute > 59 Then
      Minute = 0
      Incr Stunde
   End If

   If Stunde > 23 Then
      Stunde = 0
   End If

   '/// LCD Anzeige Stunde Minute Sekunde

   Home
   H = Str(stunde)
   H1 = Format(h , "00")
   M = Str(minute)
   M1 = Format(m , "00")
   S = Str(sekunde)
   S1 = Format(s , "00")
   Lcd H1 ; ":" ; M1 ; ":" ; S1
   Waitms 100
Loop


End
'//////////////////
Ontimer1:
   Timer1 = Startwert
   If Pinc.0 = 1 Then Incr Minute : If Minute = 60 Then Minute = 0
   If Pinc.1 = 1 Then Decr Minute : If Minute = 255 Then Minute = 59
   If Pinc.2 = 1 Then Incr Stunde : If Stunde = 60 Then Stunde = 0
   If Pinc.3 = 1 Then Decr Stunde : If Stunde = 255 Then Stunde = 59
   Incr Sekunde
Return
Deine Angaben von $crystal=4.000.000, Prescaler=64 und Timer Startwert = 7936 passen nicht zusammen. Die ISR soll doch bestimmt einmal pro Sekunde aufgerufen werden. Deine Werte passen aber zu einem Quarz mit der Frequenz 3686400Hz.
Config LCD = 16*2 hast du zweimal drin, Config LCDBUS=4 musst du weglassen, wenn du die Pins einzeln angibst.