Nein nein,
ist doch alles bestens so - das ist vollkommen normal wie Artur sagt liegt das am PWM. Die höhere Spannung wird halt gepulst so geregelt, dass der Mittelwert immer den eingestellten Nennspannung (bzw. proportional dem Strom) entspricht.
Das einfache Multimeter erfasst nur die Spannungsspitzen, nicht aber den Effektivwert.

[EDIT] sry zu spät gepostet
Im Datenblatt vom L297 sind ein paar Diagramme die die entsprechende Taktung angeben - hilft vlt. mal da rein zu gucken!
Beim Vollschritt wird Enable garnicht getaktet sondern ist dauerhaft HIGH, erst beim Halbschritt kommt eine Taktung von Enable dazu.