Du hast gar nicht wirklich ein HEX-File, sondern ein ELF-File mit der Endung .hex. Und wenn "geht alles wunderbar" auch das Funktionieren des Programms mit einschließt, dann hast du ziemliches Glück (ganz sicher verwendet das Programm dann keine Interrupts).

Der Compiler kann selber kein HEX-File erzeugen. Bei -o kommt immer ein ELF-File raus, egal was für einen Namen du dem gibst. Aus diesem ELF-File musst du dann das HEX-File mit avr-objcopy extrahieren. Wie das genau geht, kannst du in einem der Standard-Makefiles nachschauen, oder am besten benutzt du gleich ein solches.