Hab das Problem gefunden.
Das Problem war die Resonanz. Ich geh davon aus, dass diese erst im Vollschrittaufgetreten ist aus zwei Gründen. Da der Motor im Vollschrittbetrieb nicht so rund läuft und der Motor sich dadurch mehr "aufschaukeln" kann und dann stehen bleibt und zweitens, war die eingestellte Beschleunigungsrampe zu steil.
Nachdem ich die Beschleunigung runtergestellt habe und eine S-förmige rampe gefahren habe, war das Problem behoben.