Soweit ich weiss ist die Pulsein Funktion nur für kurze Zeiten geeigent, denn der µC wartet die ganze Zeit, macht also nichts zwischendurch.

Die AVRs haben Timer, aber die gehen oft nicht so langsam. Ein Vorteiler von 1024 ist oft da Maximum. Die Methode der Wahl wäre damit wohl ein Software Timer der in einem Interrupt (vom Timer) alle etwa 10 ms hochgezählt wird und dabei den Eingang Testet.
Wenn nötig kann man da auch Störungen noch abfangen, ggf. auch die Lichtschranke per AD Wandler einlesen, um von der Einstellung der Empfindlicheit los zu kommen.