Ich denke mal, dass wird nicht festgelegt sondern ist verdrahtet.
D.h.
OCR1A ist immer das compare register für OC1A und
OCR1B ist immer das compare register für OC1B.

Zusätzlich darf man OCR1A als TOP für OC1A und OC1B festlegen. Wie das in Deinem Fall auf OC1B wirkt ist jetzt klar. Wie das auf OC1A wirkt muss man gesondert nachlesen. (Ich glaube OC1A toggelt dann einfach zwischen 0 und 1 bei erreichen von TOP=OCR1A.)