S1=ON (ohne Batterien) Durchgang bei PIN1&PIN3 , PIN1&PIN2 und PIN2&PIN3.
Batterien?! dann Bestell mal neue Controller und 74HC139.
Neue Batterien sind 6Volt Spannung und die Controller können nur 5,25 Volt vertragen...

Aber wenn Du damit die Akkus meinst..

Also von den ICs nur den 74HC139 stecken, und den OP Schmitt Trigger stecken.
Schaltbild nehmen, Spannung einschalten und messen probieren.
Erstmal VCC am IC Sockel PIN10 und GND Pin11 (auf der Seite wo der Jumper und der Elko ist, ist dicht an der Fassung ein 100n C. Die beiden Pins sind 10 und 11.
Mit Drahtbrücken in den Kontakten der Mega32 Fassung kann man die LEDs prüfen;
die IR Leds kann man über eine Handy- oder Digitalkamera leuchten sehen: Beim Blick in den Sucher der Kamera leuchten diese leicht violett. Die im Getriebkasten machen Dauerlicht.
IR-LEDs Linensensor - Brücke von PIN5 (LINE_EN) nach PIN11 GND stecken. Kamera, vorne gucken.
LED 0,1,2,3 jeweils mit Brücke zwischen PIN10 und dann PINs 1,2,3,4.
Sensortaster, Ohmmeter zwischen PIN 26,27,28,29 und GND. Taster nicht betätigt = Widerstand unendlich, Taster betätigt = 180Ohm.

Wenn das soweit funktioniert, kannst Du mal mit GND an PINS 18,19 die Motoren drehen lassen. Für die Drehrichtungsumschaltung war an PINs 20,21 ein VCC Impuls (eine Richtung) und ein GND Impuls (andere Richtung) erforderlich.

Hoffe, das hilft erstmal weiter. Ansonsten viel hier im Forum lesen. Und Grundlagen Elektronik sollten vorhanden sein. Also viel Erfolg..