Das ist jetzt nicht ganz klar.
Ohne Kontroller 0,35V
Der ADC gibt 3,4V
ADC und Meßgerät ergeben am Meßgerät 3,55V

Ohne das etwas an den ADC-Eingängen angeschlossen ist, was misst du dort für eine Spannung.
Misst du immer vom selben GND-Punkt aus.