So ist die Schaltung falsch.
Der BC557 ist bis 100 mA, also schon ziehmlich knapp, wenn man mehr will.

Wenn man die ahrdware UART nutzen will, muß man die beiden Signal so verknüpfen, dass die LED nur leuchtet, wenn TX auf low ist, und das PWM Signal einen Zustand hat (Welchen ist egal, aber nur einer).
Eine Möglichkeit dazu ist es an beide Pins (PD1 und PB3) jeweils einen Transistor zu schalten. An PD1(Tx) einen PNP, and PB3 einen NPN - jeweils mit der Basis zum PIN und mit dem Emitter zur IR LED bzw. dem Vorwiderstand. R1 kann man dann kleiner Wählen: für die LED und die 2 Basis emitterstrechen fallen etwa 2,5 V ab, also noch etwa 2,5 V für den Wderstand. Passend wären dann z.B. 33 Ohm , später wenn man mehr Leistung braucht auch runter bis etwa 10 Ohm.