Danke für die Antworten.
Es handelt sich bei meinem Problem einmal um einen Bootloader mit einem MCP2515 CAN-Controller. Da kann man mit Interrupts besser arbeiten.
Zum zweiten möchte ich Programmroutinen vor Zugriff und kopieren schützen, und da dachte ich man könnte sie mit in den Bootloaderbereich packen.
Oder kennt ihr da andere Möglichkeiten ?