Hei, die Idee ist schon mal nicht schlecht.
Also der Wechsel vom Bootloader in die App. läuft über nen Jump nach 0x0000. Das müsste das Timer-Register ja überleben.

Der Timer wird zwar für das Timeout-Handling gebraucht, aber vor dem Jump deaktiviert, da die App. einen deaktivierten Timer erwartet.