Zum "kleinen" Problem:
Da Du nur einige Bytes brauchst, sollte das eigentlich kein Problem sein. Ich würde eher sagen, das RAM sollte dem Programm voll zur Verfügung stehen.

Zum "großen" Problem:
Das EEPROM macht 100.000 Schreibzyklen mit. Selbst, wenn Du pro Tag 10 mal den Bootloader aufrufst, würde das EEPROM fast 28 Jahre leben, bevor Du den Controller austauschen müsstest.... reicht das nicht?

Gruß,
askazo