Wenn es möglich ist, sollte beim Notaus der Strom direkt unterbrochen werden, also ohne einen µC.

Es kann aber auch sein, dass man den Motor noch Bremsen muß oder sonstige nicht so einfache Aktionen (z.B. Licht an, Türen entriegeln, Lüftung noch ein paar Sekunden weiterlaufenlassen) ausführen muß, dann ist es OK das auch per µC zu machen. Der µC sollte dann in aller Regel aber auch einen Watchdogteimer und ähnliches haben.

Man wird deshalb vermutlich von der ISR mehr oder weniger einen Klatstart ausführen müssen, fast so als wäre ein Reset ausgeführt. Das Wäre z.B: ein Sprung an die Addresse 0.
Allerdings kann man dann kaum das normale Programm weiterführen - bei einem Notaus auch kaum sinnvoll.