Um den Controller über seine serielle Schnittstelle zu programmieren, wäre ein sog. Bootloader notwendig.
Dieser besteht üblicherweise aus einem Programm, das sich schon im Controller befindet und einem Bootloader Programm im PC.
Ob der Mega 16 im RN Control schon einen Bootloader hat, weiß ich nicht.

Normalerweise sollte sich der Controller über den ISP ( In System Programming ! ) Anschluß, mit einem geeigneten Programmer, mit neuer Software versorgen lassen.