bloß nicht direkt anschliessen, bei 500mA geht dir der pin vom controller flöten!

ich würde auch mit PWM Steuern, allerdings nicht mit ein/aus sondern mit xVolt Grundspannung auf Maximalspannung. Die Grundspannung sollte grad so hoch sein das die Lüfterinterne Schaltung genug Spannung hat.
Damit könnte man vermutlich das fipen und den unruhigen Lauf in den Griff bekommen.
ich finde den vorschlag eigentlich spitze! ich grübel nur grad um die umsetzung in schaltungsform mit minimalspannung, sonst empfehle ich einfach mal einen pnp transistor als verstärkung

E an GND, C an lüfter minus(schwarz) und basis an den µC ... die GNDs von controller und lüfter versorgung müssen verbunden sein

aber nicht am laufenden computer ausprobieren ^^ lieber n altes Netzteil nehmen