Für den Überspannungsschutz gibt extra Schutzdioden. An sich sind das auch nur relativ Leistungsstarke Zenerdioden, die dafür nicht so genau sind. je nach Spannung so etwas wie P6KE 39A.

Den Sollwert vom PWM einzulesen hilft nicht viel, den kann der µC aus dem PWM Wert auch berechnen. Besser den Istwert des Stromes einlesen, denn der kann auch kleiner werden, wenn die Drehzahl sehr hoch ist. Auf eine Messung des Gessamtstromes könnte man dann ggf. auch verzichten.

Beim LM358 ist dann die Schaltung noch nicht OK - so geht es jedenfalls noch nicht.