Der Teil mit dem LM358 ist noch ziehmlich sinnfrei: einfach nur die Spannung an GND verstärken ?

Die Spannungsteiler für die PWM Filter könnten noch etwas anders werden, denn mehr als etwa 1,5 V wird man da kaum brauchen.

Wozu sind die Monoflops da ? Da sehe ich bisher noch keinen Sinn drin. Die Pulse künnte der µC auch direkt erzeugen. Das könnte die 2 Ics schon mal Sparen. Die -5 V für den Kontrast am LCD könnte man auch über einen PWM Pin vom µC erzeugen, da ist der ICL7660 nicht nötig.

Das messen der per PWM erzeugten Spannung ist weniger sinnvoll, Sinnvoller wäre es den tatsächlichen Strom zu messen, über die Spannung am Widerstand.

Bei dem Motortreibern sollte auch hinter die Sicherungen ein Elko und ein Überspannungsschutz, sonst kann es Probleme geben falls die Sicherung doch mal durchbrennt, oder auch nur schlechten Kontakt hat.