Wenn die Sprachen bereits alle im Flash liegen, ist das kein Problem.
Aber erst reinkopieren geht nicht wirklich brauchbar. Wie gesagt kann man bei AVRs im Flash nur vom Bootloader aus rumschreiben. Die XE16x (Infineon) können das auch vom normalen Programm aus.

Im EEPROM liegen z.B. Daten wie Displayhelligkeit/Kontrast, Lautstärkeeinstellungen, Adressen von irgendwelchen I2C-Bus-Geräten, aufgetretene Fehler. Ein I2C-EEPROM kann z.B. auch zum Speichern von Temperaturdaten verwendet werden.