So habe mal eben mein Projekt an die Makefile aus dem blinky-Beispiel aus dem Tutorial angepasst. Läuft schonmal ganz gut, allerdings gibt es noch zwei Probleme:

1.) Ich habe es noch nicht geschafft das Makefile so zu verändern, dass ich auf die *.c/*.h Dateien unter lib/src bzw. lib/inc zugreifen könnte. Daher habe ich diese Headerdateien erstmal alle direkt ins Projektverzeichnis kopiert.

und

2.) Beim Ausführen bekam ich folgende Fehlermeldung:
target CPU does not support ARM mode.

Daher habe jeweils ein -mthumb eingefügt. Jetzt habe ich aber noch eine letzte Warnung:
cannot find entry symbol _start; defaulting to 00100000

Diese scheint wichtig zu sein, denn das Board funktioniert mit der PCB-STM32.bin Datei nicht.
Laut google hat das irgend etwas mit CRT0.o zu tun. Eine Lösung habe ich aber noch nicht gefunden.