Hi,

Der Mega128 ist der einzige (meines Wissen nach) bei dem ISP auf RX/TX liegt.
Beim AT90CAN128 ist es auch so, aber darum gehts nicht.

@tranh85bo wenn du 2 Controller verbinden willst ist es am einfachsten einen als Slave zu benutzen, aber wenn du dich nicht entscheiden kannst kannst du dir auch ein Multimastersystem ausdenken was es nicht wirklich einfacher macht.
Infos gibts hier http://www.rn-wissen.de/index.php/SPI
Für die Pins schau dir im jeweiligen Datenblatt das passende Kapitel an.

Wie du (ich sag einfach du) schon richtig bemerkt hast sind nicht bei allen Controllern SPI und ISP auf die Selben Pins gemapped.

gruß