Bei den Bascom Samples ist auch ein RS232-Bootloader enthalten. Den könntest du anpassen, dass er auch auf andere Befehle als ASCII 123 (Empfange Programm) reagiert, um damit zb. im Eeprom abgespeicherte Werte zu ändern.
PC-seitig wäre das im Endeffekt die Hex-Datei (Firmware-Updates sind so auch einfacher), die Standalone-Bootloaderprogrammer Version von MCS und ein eigenes kleines Konfigurationsprogramm für die Einstellungen.
Ausliefern müsstest du nur mit dem Bootloader vorprogrammierte µC.

So ein Paralell- oder Seriell-Port Programmer (zum selbst flashen vom Bootloader) ist ja wirklich nicht sehr aufwändig, ist aber denke ich aus Gewichtsgründen direkt auf der Platine nicht optimal
Ein Kompromiss wäre zb. den Programmer auf einem aus der Hauptplatine "herausbrechbaren" Stück unterzubringen.

mfg