Daten seriell empfangen und im Puffer ablegen macht der ATMega ohne Belästigung des Prozessors, der Interrupt und das setzen des Flags sollte deine Regelung nicht beeinflussen. Dann müsstest du nur den Parser dazu oder wegschalten.:

Dim State As Byte 'Contains selected control loop state: 0 = Motors off, 1 = Acrobatic mode, 2 = Hover mode

if state = 0 then gusub Parser