@Günter: Vielen Dank, das sieht schon mal nach einem sehr guten Ansatzpunkt für mich aus. Ich glaube aber, ich werde nach dem Einschalten des Copters 1 Sekunde lang auf ein serielles Signal warten, wenn nichts empfangen wurde kann man fliegen, wenn was empfangen wurde ist man im Programming mode. Dadurch wird die Regelung dann gar nicht beeinflusst.
dir den ganzen Telemetrieteil meines Vertikal-Duokopters mailen
Den Vertikal Duokopter würde ich sehr gerne mal sehen!! Gibts Videos?

Edit:
Kannst du vielleicht auch noch mal den Code deines Parsers zeigen? Ich hätte zwar auch eine Idee (z.B. den String "A12345" senden, String auf das Vorkommen eines A's überprüfen, das A abschneiden, Variable "A_received" auf 1 setzen und den Rest des Strings verwerten), aber vielleicht hast du ja eine elegantere Möglichkeit?