Es gibt bei Display3000 einen SD-Slot mit einer Enable-Leitung. Liegt diese nicht auf High-Level sind alle Pins des Slots Tri-State. D.h. sobald der Controller über ISP programmiert wird, fehlt das Enable-Signal, die Pins werden für den Controller "unsichtbar" und die Karte kriegt vom restlichen Verkehr da draussen nix mit.
Wenn ich mich nicht täusche, wird bei den parallelen ISP-Adaptern ein 74HC244 verwendet, dessen Pins man ebenfalls hochohmig schalten kann. Sollte das Problem dann lösen.