Gegen den FET zum schalten der LED ist nichts einzuwenden, da spart man sich tatsächlich einen Widerstand (den an der Basis).

Die Idee den Liniensensor mit einer IR led zu machen ist auch nicht so schlecht. Man muß der IR LED auch nicht die oft maximal zulässigen 100 mA geben, da werden die oft schon recht heiß. Im Vergleich zu einer normalen roten LED, hat man oft mehr Signal und kann einen Fototransistor mit IR Filter nutzen um weniger empfindlich auf Fremdlicht zu sein. Allerdings wird die Justierung schwieriger, und nicht jede schwarze Farbe ist auch im IR Bereich schwarz. Bei einer normalen LED würde ich ein 700 nm (dunkelrot) Type (z.B. Reichelt "low cost rot") empfehlen. Auch wenn die fürs Auge eher dunkel sind, kommt für den Fototransistor viel Intensität an.
Den Fototransistor sollten man aber analog abfragen, also über einen AD Eingang.