Oft haben die Handys eine serielle Schnittstelle integriert in dem Plug zum PC. Hat dein Handy das? Oder nur eine USB-Schnittstelle?
Kannst du ggf. gleich einen Fototransistor nehmen anstatt die Fotodioden? Liefert mehr Strom, ist etwas Langsamer aber 5ns Stieg/Fallzeit wie bei der Fotodiode ist Overkill...
Du solltest auch checken ob die Daten vom "Schachbrett" sich uebersprechen, also ob eine leuchtende Raute nebenan die uebertragung einer dunklen Raute stoert.