Es geht darum es eben nicht am PC zu machen !!
Dass du das nicht manuell an deinem PC machen willst, war eigentlich klar.
Die Frage ist halt nur, wofür du es brauchst.
Wenn es nicht nur ums basteln geht und das Dingen die Daten zuverlässig und schnell vergleichen können soll, könnte es ja trotzdem Sinn machen PC-Technik dafür zu verwenden. Damit könnte man ja trotzdem eine Lösung basteln, die die Daten automatisch vergleicht.
Gibt ja inzwischen schon für ab 50€ recht kleine sparsame Mainboards mit Atom und vergleichbaren Prozessoren.

Du hast leider noch nicht gesagt, welche Datenmengen du vergleichen willst.
Der Controller in dem Schaltplan ist mit 11 MHz getaktet.
Selbst die kleinsten gängigen USB-Sticks und SD-Karten haben sind heute 1 GByte = 8G Bit gross.
Du müsstest beide lesen, USB und SD-karten werden soweit ich weiss seriell gelesen.

D.h. ein µC der maximal 11 Mio einfache Operationen pro Sekunde durchführen kann, soll 16000 Mio bits + Protokoll-Overhead lesen und vergleichen.

Alleine aus dem Verhältnis 16000 / 11 ergeben sich schon 1454 Sekunden.
Tatsächlich wird das selbst bei sehr guter Programmierung wohl eher eine Aktion für mehrere Stunden werden.

Nur wie löse ich das Schaltungstechnisch ?
Im Prinzip mit einem elektronischen Relais. Ich vermute mal für deinen Anwendungsfall nennen die Teile sich nur etwas anders. Du brauchst ja keine Lasten zu schlaten, dafür darf es dann aber gerne etwas schneller sein.
Ein Umschlater wäre schöner, zur Not sollten aber auch jeweils zwei Schalter funktionien, z.B. so was wie der 74HC/HCT4066.

Kann ja nicht einfach den USB und SD parrallel an den Mik. anschließen.
Klar, damit ist dann sichergestellt, dass dein Controller immer zu dem Schluss kommen, dass die Daten auf der SD-Kate und dem USB-Stick identisch sind