Variablen solltest Du nie in Header-Dateien verwenden.
Die sollten immer in der entsprechenden C-Datei definiert werden.

Wenn Du globale Variablen in verschiedenen Dateien verwenden willst, musst Du das Attribut "extern" verwenden.

z.B. Deklarierst Du in der Datei funk.c eine Variable:
int meineVariable;

wenn Du diese Variable dann auch in der output.c verwenden willst, musst Du sie dort so bekannt machen:
extern int meineVariable;

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Alternativ kannst Du das
extern int meineVariable;
auch in die funk.h packen und diese dann in der output.c includieren.
Das ist sogar die bessere Variante - bin gerade erst beim rumstöbern zu dem Thema drauf gestossen
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Gruß,
askazo