Den 1M Widerstand brauchst du extrem selten. Ich würde ihn weglassen oder einen anderen Wert nehmen.
Bei der Bat43 Diode würde ich die SMD Diode weglassen. SMD brauchst du am Anfang noch nicht.
Wenn du die 1N4007 hast würde ich entweder die 1N4001 weglassen. Wenn du wirklich wieder welche brauchst ist es besser du bestellst wieder welche. Bis die 20 Stk aufgebraucht sind vergeht einige Zeit.
Statt den Low Current Leds würde ich normale Leds (mit 20mA) nehmen.
Ich würde entweder den Atmega8 oder den Atmega16 nehmen.

Ich würde noch ein regelbares Netzteil mitbestellen. Ich habe mit dem Voltcraft 2256 angefangen (1,5-15V 1,5A). Ich würde aber zu dem NT einen Strombegrenzungsbausatz mitbestellen. Bei dem NT habe ich zwar keine aber bei den anderen und die leisten gute Dienste wenn man etwas falsch aufgebaut hat.