Ich hatte mit dem AVR ISP MKII auch mal so ein ähnliches Problem.
Bei mir lag es daran, das die Firmware im AVR ISP zerschossen war.

Du könntest mal versuchen die Soft über das AVR Studio upzudaten.

Da gibts aber auch ne Pozedur wie man die wieder neu in den MKII reinkriegt.

Dazu muß man den Programmer öffnen und einen Jumper umlegen und die Firmware mit einer zusätzlichen Software einspielen - Das ist aber schon 2 Jahre her - Guck mal auf der ATMEL Seite danach.