ja, du musst auf den Chip was programmieren. (Wobei da glaube ich der Chip gar nicht dabei ist)

Ist nicht ganz einfach, weil du möglichst mit Interrupts arbeiten solltest, damit keine Schrittverluste entstehen. Aus dem gleichen Grund ist auch nur 1 Chip für 3 Endstufen nicht ganz optimal.
Verwende einfach ne Schaltung mit L297 statt dem Atmelboard, dann hast du Geschwindigkeitsmäßig keine Probleme, und du musst auch nix programmiern