ich erklär dir mal den Ablauf der Programme:

Als erstes machst du eine Zeichnung im CAD. Hier dann ein Layout in EAGLE.

Daraus wird dann mit weiterer Software (dem CAM) G-Code erzeugt. Der enthält Befehle für die Achsen wie: Fahre X auf 52,04mm.
Im Falle von Eagle wird dieser Teil vom Plugin (ulp) pcb-gcode übernommen.

Mit dem G-Code kannst du dann in die Maschinensteuerung rein, z.B. EMC oder Mach. Diese Software versteht den G-Code und gibt über den Parallelport oder spezielle Interface-Karten dann Signale aus, welcher Schrittmotor in welche Richtung einen Schritt machen soll.

Du siehst, wenn du ein CAM hast, das mit deinen CAD-Daten umgehen kann, ist es ziemlich egal was für Steuerungssoftware du verwendest, und noch egaler, was für Elektronik dann angesteuert wird.
(Zumindest wenn du die Standards einhältst, zB mit der L297/L298-Kombi)