Wie machst du die Spannung fuer dem Rest der Schaltung? Was fuer eine Betriebsspannung hast du da? 5V? Wenn die Spannung vom Akku etwa 5.25...6.9V betraegt brauchst du einen Schaltregler um daraus stabile 5V zu erzeugen. Wenn du in der Schaltung 12V brauchst (auch vom Akku) brauchst du einen Step-up Regler, und ggf. einen 7805 oder so danach (ist zwar verschwenderisch aber sonst brauchst du noch einen Schaltregler).

Mein Vorschlag waere dann so:
Code:
             +-----------------------------Schottkydiode-+
             |                                           |
12V Netzteil-o->LM317->Akku->Step-Up(12V)->Schottkydiode-o->(12V)->7805->(5V)->uC
Durch die Schottkydioden bekommst du immer 12V (-ca. 0.5V durch dioden) raus, entweder direkt vom Netzteil -oder- vom Akku mit Step-up-regler (wer auch immer die hoehere Spannung liefert), woraus du deine 5V fuer uC und Rest der Schaltung erzeugst.