Ich würde die Akkus einfach getrennt laden und zum Entladen parallel schalten. Die Ausgleichströme sind vermutlich relativ gering und kein ernsthaftes Problem. Wenn ein Akku vom Ladegerät genommen wird, dann sinkt die Spannung innerhalb kurzer Zeit stark (ca. 1-2 Volt bei einem 10 Zellen Pack, abhängig von Ladestrom und Akkutyp) ab. Dieser Effekt ist vermutlich wesentlich grösser als die Spannungsunterschiede zwischen den einzelnen Packs. Dementsprechend ist die Leerlaufspannung des besten Akkus immer noch niedriger als die Ladespannung des schlechtesten. Wenn nun die Spannung eines Akkus durch parallelschalten mit einem anderen etwas erhöht wird, dann ist der sich einstellende Ausgleichsstrom wesentlich kleiner als der normale Ladestrom und damit für die Akkus nicht weiter schädlich. Ich würde einfach mal mit einem Multimeter (10A Bereich sollte reichen) messen, wie hoch der tatsächliche Ausgangsstrom ist.

Anders sieht es aus, wenn in einem Pack eine oder mehrere kurzgeschlossene Zellen sind. Dies kann im Laufe der Zeit bei alternden (und eventuell manchmal tiefentladenen) Akkus durchaus passieren. In diesem Fall kann es zu problematischen Ausgleichsströmen (und mit etwas Pech zu gasenden/auslaufenden Akkus) kommen. Daher wäre eine Messung der Spannung der einzelnen Akkupacks nach dem Laden sinnvoll. Ausserdem würde ich zur Sicherheit bei jedem Akkupack eine Sicherung in Serie schalten. Wenn es wegen einem defekten Akkupack zu grösseren Ausgleichsströmen kommt, dann löst die Sicherung aus und verhindert Schlimmeres. Die Sicherung muss so dimensioniert sein, dass auch bei einer etwas ungleichen Verteilung des Laststroms keine Sicherung auslöst. Wahrscheinlich wären KFZ Sicherungen mit 15A oder 20A Nennstrom geeignet.

Ein einzelnes Entladen der Akkus hintereinander hat den Nachteil, dass bei einer so schnellen Entladung die verfügbare Kapazität der Akkus deutlich sinkt und gleichzeitig aufgrund des Innenwiderstands die Spannung niedriger liegt. Aus diesen Gründen wird die Energie des Akkus wesentlich schlechter genutzt. Allerdings hat man dafür den Vorteil, dass man eine relativ gute Kontrolle darüber hat, wieviel Energie noch übrig ist und man das Modellschiff mit dem letzten Akku sicher zurück ans Ufer fahren kann.