Ich denk mal, das Du deinen FT232 im VCP Mode betreibst und da muß dann in der empfangenden Software natürlich auch die Baudrate eingestellt werden.
Und zwar die Gleiche, die auch dein Microcontroller benutzt.

Wenn Du dein Gerät BUS POWERD machst, musst Du über den Microcontroller auch noch einen Pin des FT232 abfragen, wann der USB Bus in den Suspend Modus geht und den Controller daraufhin in einen Sleep Modus versetzen.

Wenn das nicht möglich ist, solltest Du die Schaltung aus dem Datenblatt des FT232, mit dem P-FET, verwenden.
Das ist aber nur ein zusätzliche Info und hat mit Deinem Problem vorerst mal nichts zu tun.