Hm, ohne das makefile zu sehen, kann ich da spontan nichts zu sagen.
Die Frage ist allerdings, warum Du nicht im AVR-Studio programmierst und auch dort kompilierst. Dann hast Du mit dem Makefile (fast) nichts mehr zu tun, bzw. kannst alles bequem über ein übersichtliches Menü einstellen.

Gruß,
askazo