Welche Fuses man braucht lässt sich hier einfach rausfinden:
http://www.engbedded.com/fusecalc/
Die Seite sollte jeder hier als Bookmark haben!

Die Fuses sind immer unabhängig vom Programm selber.
Flashen, Löschen und der restliche "Regelbetrieb" haben mit den Fuses nichts zu tun, also sie ändern die Fuses nicht.

Falls externer Quarz gewählt ist, muss dieser natürlich auch vorhanden sein. Ansonsten macht der AVR garnichts mehr.