Auch wenn ich nicht ganz verstanden habe, wie sich das mit den Elkos verhält...

Ich hab mal eine uC, der eine LED leuchten lässt und die Schrittmotorplatine an den selben Port angeschlossen und die LED blinkt etwa jede halbe Sekunde auf. Mit anderen Worten der uC stürzt etwa alle halbe Sekunde ab und startet neu.

Das deutet für mich auf sehr regelmäßige Lücken in der Stromversorgung hin und das wiederum könnte durch einen Kondensator verursacht werden. Also falls es der Elko ist: Wie umgehe ich das Problem?