Kann der Timer auch drei lesen?
und wo müssen die Leitungen vom empfänger angeschlossen werden?
Der Timer liest ja die Daten nicht, sondern er liefert nur die Zeitbasis für die Messung.
Die eigentliche Messung findet in den Interruptroutinen ( z.B. ICP, INT0, INT1 ) statt.

Ich würde dafür den ICP Eingang mit zugehörigem Interrupt, sowie den INT0 und den INT1 Eingang mit den dazugehörigen Interruptroutinen verwenden.

Deine Eingänge wären also dann ICP, INT0 und INT1.
ICP hat zusätzlich noch den Vorteil, das der Wert des Timers in einem ICP Register im Controller gespeichert wird und von dort nur abgeholt werden muß.

Prinzipiell kannst Du diese Methode für so viele Kanäle verwenden, wie du flankengetriggerte Eingänge hast. Theoretisch wäre also auch die Verwendung der Pin Change Interrupts möglich, ist allerdings aufwändiger als die INT's