Wenn der µC noch zu programmieren geht, sollte der µC ja eigentlich laufen. Außder dem µC sind da aber kaum Teile drauf die benötigt werden. Ist also schon komisch das Verhalten. Wenn ein Teil kaput ist, dann wohl ein Teil des µCs - am ehesten wohl die Treiber für einige Ausgänge.

Da sollte man mal testen ob die Versorgungsspnnung stimmt. Nicht daß der Spannungsregeler durch den Kurzschuß beschädigt wurde. Ist zwar relativ unwahrscheinlich, aber das messer der Versorgungsspannung ist ja auch nicht so Aufwendig. Wie schon gemacht wäre ein Testprogramm der nächste Schritt. Damit sollte man zumindest die Pins mit LEDs testen können. Gerade für ANfänger hat man da das Porblem das man nicht weiss ob man ein Software oder Hardware Problem hat.

zu 3.:
Der Widerstand zum Sensor hat schon einen Sinn: er verhindert einen zu hohen Strom über die Schutzdioden, für den Fall, daß beim µC die Versorgung fehlt, der Sensor aber ein hat.
Wenn der Sensor ein Taster ist braucht man keine Widerstand in Reihe. Taster usw. schließt man meistens gegen GND an. Vom Eingang nach VCC kommt dann ein Widerstand (Pullup), wobei man dazu oft auch den internen Pullup im µC nutzen kann.


Edit: den Widerstand zum NTC braucht man um aus dem Widersandwert ein Spannung zu machen (hatte das Bild nicht gesehen).

zu 4.:
Der Zugriff über PinA.x und PortA.x ist was verschiedenes:
über PortA stellt man ein was ausgegeben wird und ließt den Wert den man zuletzt eingestellt hat (also das was ausgegeben werden soll) aus.

Über PinA.x ließt man aus was tatsächlich an dem Pin anliegt. Das schreiben ins Register PinA ist ein Sonderfall, abhängig vom µC typ. Bei alten typen passiert nichts, bei neuen Typen wird für ein Bit mit Wert 1 das in PinA geschreiben wird das entsprechende Bit in PortA umgedreht.