Du willst doch sicher den Strommittelwert messen. Also ein Integrierglied aus R und C vor den ADC schalten.

Ich glaube deine Ursprungsfrage wurde noch nicht beantwortet. Du schreibst 0,5V Spannungsfall für die Strommessung. Dann kannst du den R zwischen Schalttransistor und Masse schalten und hast so den Bezugspunkt Masse. Der Transistor schaltet (je nach Typ) immer noch zuverlässig.