Diese PWM ansich ist noch keine Regelung, sondern nur eine Steuerung. Um wirklich zu regeln, müsstest Du, wie Du ja auch willst, den Strom messen und reagieren. Um die Spannung am Shunt zu erhahlten, kannst Du einen µC mit differentiellen ADC benutzen, zB Mega32. Dann kannst Du diese verwenden, um nachzuregeln.
Ganzz nebenbei wird das auch nötig sein, denn Deine Schaltung ist äußerst instabil und stark abhängig von verschiedenen Faktoren, zB Spannungsschwankungen (hast Du immer genau 7,4V), Innenwiderstand der Quellen, R der Zuleitungen usw. Das alles berücksichtigt Deine Simulation vermutlich nicht.
Variiere doch mal ein paar der Parameter, zB 7V statt 7,4 und installiere mal einen Reiehenwiderstand von 0,1-0,5Ohm als Innenwiderstand. Wie ändern sich die Stromwerte?
Gruß