Als alternatives Programm gibt es noch AVRDude.
Der Mega328 sollte genau so zu programmieren sein wie der Mega168. Das wäre wohl so ein Fall wo man eine nicht passende Signatur auch mal ignorieren kann. Bei AVRDude sind die Beschreibungen für die Chips als text lesbar und ggf. auch zu ändern. Es sollte nicht so schwer sein da einen Eintrag für den Mega328 zu erzeugen, wenn es den nicht schon gibt.

Die neuste VErsion von AVRDUDE soll den mega328 schon unterstützen.
http://www.pololu.com/docs/0J31/1