Welche Bedeutung haben diese Zahlen?
Das kann wohl nur der beantworten der das Protokol oder den Quellcode kennt. Es sind vermutlich Steuercodes für die verschiedenen Bootlader-Funktionen oder Statusbitmuster des Loaders und des RP6.

...irgendwie Quatsch oder?
Danke:) Wenn Byte 3 und 4 die LSB/MSB der Adresse wären, würde jeder 256er-Block das MSB um eins erhöhen. Ich weis aber auch nichts genaues und rate nur ;)

Das Verfahren für die CRC16-Prüfsumme könnte beim GCC dokumentiert sein. Schlieslich erzeugt ja der Kompiler die Hex-Dateien. http://www.google.de/search?q=CRC16+CRC-CCITT+avr+hex