Die Rückwärtsdioden kommen parallel zum Regler. Beim 78xx mit der Kathode zum Eingang und der Anode zum Ausgang.

Das mit dem Serienwiderstand macht vor allem dann sinn, wenn man eine relativ hohe Spannung am Eingang und niedriege am Ausgang hat. Hier wird man aus den 15 V AC etwa 17-18 V DC bekommen. Der 78xx sollte wenigstens 2,5 V besser 4 V zum Regeln haben. Den Rest könnte Man am Widerstand verbraten. Beim Strom muß man berücksichteigen, das der eher nur gepulst fließt. Entsprechend muß der Widerstand eher kleiner werden als man sonst denkt. Da wird man wohl entweder etwas Probieren oder simulieren müßen wennman passende Werte haben will. Sonst lieber etwas kleiner.
Als Beispiel für den 5 V Regler:
Der Regler solle 5V+4V= 9V haben. Die Eingangsspannung wird etwa 17 V sein, macht also 8 V für den Widerstand. Für einen mittlere Strom von 1 A wird der Spitzenwert etwa 2 A sein. Der passende Widerstand also etwa 8V/2A = 4 Ohm. Von der Leistung muß man mit 8 Vx1A = 8 W rechnen, eher weniger, denn die 2 A als Spitzenstrom sind schon eher groß angesetzt. Wenn der maximale Strom kleiner wird, können die Widerstände größer werden.
Der Elko für die +-12 V Regler sollte einen unabhängigen Gleichrichter bekommen, damit hier klein Strom zurück in die anderen Elkos fließt.
Der Elko sollte die Typischen 2200 µF je A sein. Für die +-12 V Regler lieber etwas mehr, bei anderen kanns auch etwas weniger sein. Die 7,5 V und 9 V könnte man wohl auch bei den Elkos zusammenfassen.

Zum PWM Signal:
ZUm glätten des PWM Signals sollte der Elko Parallel zum Motor sein. Die Spule wie schon gezeigt zwischen MOSFET und Motor/Elko. Die Diode (Shottky) kommt vom MOSFET nach (+).
Wie groß die Spule werden sollte, hängt von der PWM Frequenz ab. Die Dimensionierung ist wie bei einem Schaltnetzteil. In der ein zeit von z.B. 50% sollte der Strom um weniger als etwa 30% des Nennstroms steigen. Für eine Frequenz von z.B. 20 kHz und einen Motorstrom von z.B. 1 A bei 5 V: L = 25µs/0.3A * 5 V = 417 µH. So ganz kritisch ist der Wert aber nicht.

Für eine höhere PWM Frequenz sollte der Widerstand vor den Gate aber deutlich kleiner sein, eher 220 Ohm.

Edit: der gezeigte FET ist kein Logic Level, geht also nicht direkt am µC.