Das zusammenkopieren ist kein Problem:
Die externen .c Dateien enthalten nur definitionen von Funktionen und ggf variablen. Wo man die Reinkopiert ist eigenlich egal. Nur bei den .h files kann die Reihenfolge wichtig sein, da stehen prototypen, Konstanten und eventuell Variablen dirn. Einfach so wie im main.c.
Also etwa in der Reihenfolge:
config.h
usart.h
cmd.h
usart.c
cmd.c
Main.c

Dabei wird man den Teil usart.c und usart.h wohl ganz durch die Bascom internen funktionen ersetzen und kaum so 1:1 übertragen.

Das Verteilen auf mehrere Dateien hat mich auch am Anfang etwas gestört. Vor allem wird zum Teil ja noch mal in den Dateien die man mit include einbindet noch mal was eingebunden.

Die Ausführung des Programms fängt mit main an. Da steht aber auch schon ein Kommentar.
Immerhin ist das Programm nicht besonders lang und so wie es aussieht auch in keiner weise Zeitkritisch.