Den Quarz würde ich nicht als SMD wählen, sondern eher schon Steckbar. Das geht mit Pins von Präzisions IC Fassungen.

Wenn schon SMD, dann für die Entkoppelkondensatoren und die Kondensatoren für den Quarz. Wenn man sich einmal daran gewöhnt hat, will man es gar nicht mehr anders.

Die Anschlüsse AGND und AVCC sind nicht nur für den AD wandler. Beim MEga8 sind die soweit ich weiss intern verbunden mit GND VCC, aber das ist mehr ein BUG. Bei den neuerem Mega88 und Co. geht ohne verbindung an AGND und AVCC kaum etwas: der Brownoutdetektor spricht zu früh an und bei etwas Last an dem falschen Port kann der µC auch mal kaputt gehen (Latchup). Die Pins zu belegen sind also ein absolutes muss, wichtiger als der Pullup am Reset Pin.